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The storyline continues from several months after Weiß Kreuz Glühen. It follows Aya and Ken as members of an assassination team named Krypton Brand Side B in Great Britain. Weiß is no more. Of the original Weiß, only Ken and Aya have found their way into Side B.

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A diferencia de "An Assasin and a White Shaman" (el primer manga de Weib), Side B tiene un estilo de dibujo mucho más shounen, pero no lo suficiente como para dejar de ser atractivo para sus fans.
Weib Side B retoma el hilo de la historia de Weib Kreuz Gluhen a partir del capitulo 13 (el último de esa temporada), y coloca a Aya y Ken dentro de un nuevo grupo de asesinos: los Kryptonbrand Side B, que al igual que Weib Kreuz también se encarga de eliminar a aquellos que cometen cr� menes y se escapan de ser castigados por la justicia.
Esta nueva banda, esta formada por 6 miembros: Aya, Ken, Chloe, Yuki, Free y Michel (que es hombre! aunque no lo crean... de hecho no hay ninguna mujer en el grupo.) Lo más curioso de este grupo de asesinos, es que no solo utilizan una vestimenta particular (igual que Weib Kreuz) sino que también usan unas máscaras al mejor estilo 'El Fantasma de la Opera'. Al igual que en Weib, aqu� hay también una mujer, que no se sabe para quien trabaja, que es la que les da las misiones a estos muchachos.