Manga przedstawia historię w odległej przyszłości. Ziemia jest zniszczona, więc ludzkość przeniosła się na wielkie konstrukcje, poruszające się po lądzie, na fortece zwane Plantation. Dzieci, które są tu wychowywane, żyją „pod kloszem”, co oznacza, że nie wiedzą nic o zewnętrznym świecie. Całe ich życie kręci się wokół wykonywania przydzielanych misji. Ich wrogami są stwory zwane Kyōryū. Dzieci zamieszkujące Plantation walczą z dziwnymi kreaturami wykorzystując do tego roboty, Franxx. Głównym bohaterem jest chłopiec imieniem Hiro, o pseudonimie Code:016. Choć miał wielki potencjał, nie dorównuje swoim koleżankom i kolegom. Nie może nawet pilotować robota, a co za tym idzie, jego obecność jest zbędna. Pewnego dnia na jego drodze staje dziewczyna z rogami, Code:002, określona mianem „Zero Two”.